October 8, 2017

Diagnostyka Consilio

diagConsilio

Okres zatrudnienia: 06.2017 – obecnie

Diagnostyka Consilio to największy niepubliczny zakład patomorfologii w Polsce. Przeprowadza około 230 000 diagnoz histopatologicznych i cytologicznych rocznie. Współpracuje z 47 szpitalami, 320 przychodniami i gabinetami. Obsługuje ponad 200 placówek w ramach Programu Profilaktyki Raka Szyjki Macicy (ponad 60 000. cytologii ginekologicznych w 2014). Zakład Opieki Zdrowotnej Diagnostyka Consilio posiada oddział między innymi w Łodzi, Warszawie, Wrocławiu, Krakowie, Poznaniu, Gdańsku, Szczecinie, Gliwicach.

Po około pół roku pracy w Diagnostyce, rozpocząłem wraz z teamem pracę nad nowym systemem informatycznym o nazwie eConsilio, przeznaczonym dla Zakład Opieki Zdrowotnej Diagnostyka Consilio.
Jednym z modułów systemu eConsilio jest projekt badawczy dofinansowany przez Unię Europejską:

„System automatycznej analizy i rozpoznawania obrazów histopatologicznych”.

Projekt  współfinansowany jest  ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój, I Oś priorytetowa „Wsparcie prowadzenia prac B+R przez przedsiębiorstwa”, Działanie 1.1 „Projekty B+R przedsiębiorstw”, Poddziałanie 1.1.1 „Badania przemysłowe i prace rozwojowe realizowane przez przedsiębiorstwa”.

Celem Projektu jest opracowanie innowacyjnego w skali światowej prototypu systemu automatycznej analizy i rozpoznawania obrazów histopatologicznych, służącego do wykonywania automatycznego procesu badania przesiewowego w badaniach histopatologicznych.

Projekt zakłada stworzenie unikatowego w skali światowej protokołu wspierającego proces skanowania i opisu próbek histopatologicznych przez lekarzy histopatologów, detekcję charakterystycznych zmian patologicznych w tkankach oraz rozpoznawanie rodzaju zmian patologicznych.
Efektem realizacji Projektu będzie wykonanie:

  1. Linii badawczej do skanowania wraz z oprogramowaniem do bezpiecznego przesyłania oraz przechowywania danych.
  2. Kilkudziesięciu tysięcy zanonimizowanych próbek materiału histopatologicznego (obraz, opis, etykietowanie), stanowiących jedyną na świecie tak dużą dostępną dla ośrodków badawczych i lekarzy bazę danych obrazów histopatologicznych płuc, jelita grubego i gruczołu prostaty.
  3. Badań przetwarzania niskopoziomowego, poprawy jakości sygnału oraz ekstrakcji cech rzadkich.
  4. Badań tensorowej reprezentacji danych histopatologicznych oraz klasyfikatorów bazujących na dekompozycji tensorów wzorcowych.
  5. Badań komitetów klasyfikatorów operujących na dużych zbiorach niezbalansowanych danych wieloklasowych.
  6. Badań uczenia głębokiego dużych zbiorów danych z wykorzystaniem akceleratorów kart graficznych GPU.
  7. Badań poszukiwania podobnych obrazów histopatologicznych.

Efektem końcowym Projektu będzie opracowanie prototypu systemu tj. pełnego demonstratora zintegrowanego systemu zautomatyzowanego procesu badania przesiewowego badań histopatologicznych.

Planowany termin realizacji Projektu: od 03.04.2017 do 30.10.2020 roku. Wartość Projektu: 14 248 702,14 PLN,
w tym współfinansowanie ze środków Unii Europejskiej z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego: 7 110 180,98 PLN

Projekt badawczy będzie wykorzystywał algorytmy sztucznej inteligencji. Przy realizacji projektu współpracować będziemy z naukowcami z AGH (Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie).

Podczas pracy nad systemem, używamy metodyki zarządzania projektem Scrum. Przestrzegamy manifestu agile. Posiadamy DoD (Definition of Done), DoR (Definition of Ready). Bardzo dużą uwagę zwracamy na jakość i bezpieczeństwo tworzonego przez nas systemu. Przez co po każdym zadaniu przeprowadzamy sobie nawzajem code review. W przypadku trudniejszego zadania programujemy w parach. Organizujemy spotkania techniczne w calu omówienia nowych praktyk, pomysłów czy kierunku rozwoju systemu.

Odpowiadam przede wszystkim za back-end, modelowanie domeny, architekturę. Dodatkowo sporadycznie realizuje zadania związane z front-endem.
System to tzw. „greenfield project”. Jest tworzony przez nas od podstaw. Dzięki czemu mogliśmy zastosować najnowsze metodyki oraz technologię.

Jest on tworzony z wykorzystaniem:
– C#,
– JavaScript, TypeScript
– ASP.NET MVC 5, Telerik Kendo UI
– ASP.NET Web API, SignalR
– WPF,
– Testy: XUnit, Nunit, Fluent Assertions
– ORM: NHibernate,
– Baza danych: ORACLE,
– System kontroli wersji: GIT
– TFS
Stosujemy następujące metodyki:
– TDD(Test-driven development)
– Pair programming,
– DDD (Domain-Driven Design),
– OOP (Object-oriented programming),
– SOLID,
– Agile
– Scrum
– Feautre Slicing,
– Feature Toggles,
– Continuous Integration,
– Continuous Delivery.